吴建峰先后参与国家“863”计划课题、国家十三五重点研发计划、中国白酒“169”计划、江苏省重点研发计划和科技支撑等国家、行业及省部级项目。在传统发酵工程领域，围绕我国白酒固态发酵过程群体微生物的演替及相互关系、固态发酵过程自动化和智能化装备的研发及产业化、新产品研发等重大关键共性问题攻关，实现了白酒固态发酵大规模机械化、自动化、智能化生产，为传统酿酒产业转型升级改造奠定了基础，推动了酿酒行业的技术进步和发展，被誉为白酒发展史上的里程碑。
吴建峰的研究成果先后荣获中国酒业协会科学技术进步一等奖、中国食品工业协会科学技术一等奖、中国轻工业联合会科学技术发明奖二等奖、江苏省科学技术奖二等奖等三十余项科技奖项。获专利五十余项，其中发明专利二十四项。发表学术论文二十余篇。先后获全国技术能手、全国五一劳动奖章、“十二五”轻工业科技创新先进、中国白酒大师、中国白酒首席品酒师、中国轻工第二届“大国工匠”、中国酒业科技领军人才、高沟酒非物质文化遗产传承人等荣誉称号；享受国务院政府特殊津贴。